Многие современные диски при работе сильно нагреваются. Непосредственно причину нагрева устранить нельзя, она заложена в особенности схемотехники диска. В основном, источником нагрева служат не микросхемы на плате контроллера, а катушка позиционера в гермоблоке.
Требования к таким характеристикам дисков, как Track-To-Track seek и пр. постоянно увеличиваются, соответственно, от сервосистемы требуется большая стабильность и быстродействие, поэтому ток в катушке, генерируемый специальной МС ("драйвером") довольно велик и сильно ее нагревает.
Но, с точки зрения надежности, эксплуатировать диск при таких высоких температурах мы крайне не рекомендуем и всегда советуем нашим клиентам поставить в систему дополнительный вентилятор. Затраты на цену вентилятора и на незначительное повышение шума от него однозначно стоят жизни вашего HDD и стабильности его работы.
Самое печальное, что от повышенных температур постепенно деградируют, в основном, не электронные компоненты контроллера и не поверхность пластин, а MR-головки чтения-записи, поэтому подобные неисправности считаются довольно тяжелыми.
P.S. Информация чисто для приблизительной оценки температуры - если ваша рука, напрямую контактирующая с корпусом HDD действительно "не терпит", то это означает, что текущая температура диска примерно равна (или превышает) 45-50 градусов Цельсия.